พระราชินีเอนาเสด็จสวรรคตในวันที่ 15 เมษายน พ.ศ. 2512 ณ เมืองโลซาน ซึ่งมีช่วงระยะเวลา 38 ปีพอดีหลังจากการเสด็จลี้ภัยออกนอกประเทศสเปน พระศพของพระองค์ฝังอยู่ที่โบสถ์พระหฤทัยศักดิ์สิทธิ์ (Sacré Coeur) ในเมืองโลซาน ต่อมาในวันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 2528 พระอัฐิของพระองค์ได้ถูกนำกลับสู่ประเทศสเปนและฝังลงที่ห้องใต้ดินหลวง พระอารามหลวงเอสกอเรียล ตั้งอยู่นอกกรุงมาดริด เคียงข้างพระอัฐิของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 13 พระราชสวามี เจ้าชายอัลฟอนโซ เจ้าชายไฆเม และเจ้าชายกอนซาโล พระราชโอรสของพระองค์